O Diretor é o órgão de administração e gestão do agrupamento de escolas nas áreas pedagógica, cultural, administrativa, financeira e patrimonial (cf. Decreto-lei 137/2012). A Direção do Agrupamento de Escolas Diogo de Macedo é constituída pelos seguintes elementos:
Diretor
Serafim Manuel Teixeira Correia
Subdiretora
Sandra Isabel Crespo Borges
Adjunta
Ana Paula dos Santos Lima
Adjunta
Elisabete Jesus Gonçalves Magalhães
Adjunta
Raquel José Pereira Soares